根据《中华人民共和国审计法》的有关规定，2006年审计署对北京、河北、山西、辽宁、吉林、黑龙江、上海、江苏、浙江、安徽、山东、河南、湖北、广东、重庆、四川、云南和陕西等18个省(市)收费公路建设、运营、管理情况进行了审计调查。
公告发现的主要问题有：辽宁、湖北等16个省(市)在100条(段)公路上违规设置收费站158个，至2005年底违规收取通行费149亿元。浙江、安徽等7省(市)提高收费标准，多征收通行费82亿多元。抽查山东、北京等12个省(市)35条经营性公路，由于批准收费期限过长，获取的通行费收入高出投资成本数倍乃至10倍以上，成为“高价公路”。18个省(市)政府和交通部门将政府还贷公路应专项用于还贷的通行费收入291亿元，改用于其他公路和城市基础设施项目建设及偿还其他贷款、支出经费等。
公告称，交通部和有关地方政府及交通主管部门高度重视审计查出的问题，认真督促整改，多数违法违规问题已得到纠正。交通部党组召开了10多个专题会议，交通部召开了全国规范收费公路管理工作座谈会，研究和部署审计整改工作；明确要求各地坚持“非收费公路为主，适当发展收费公路”的原则，从严控制收费公路数量，加强收费公路用地管理和债务监测；已出台《进一步规范收费公路管理工作的通知》等3项法规和制度，对公路收费权审批、收费站点设置等作出了更加明确的规定，暂停了政府还贷公路收费权转让工作。同时还将制定《收费公路权益转让办法》、《关于逐步撤并二级公路收费站点的工作方案》等8项规章制度。同时，交通部组织在全国范围内对“特权车”、“人情车”问题进行集中清理、整顿。
公告说，各有关省(市)政府主要领导针对审计查出的收费公路存在的问题多次作出重要批示，并及时组织发展改革、交通、建设、物价和财政等部门研究制定整改措施：
(一)控制收费公路数量，加大政府对公路建设的投入。多数地方政府明确表示将控制收费公路数量，研究改革收费公路建设运营管理体制，加大公路等基础设施建设的财政投资力度，彰显政府责任。北京市政府决定在今明两年共投入82亿元作为新建高速公路项目资本金，并保证达到国家规定的项目资本金比例。
(二)积极整改违规设站等问题。江苏、河南、湖北、山西、山东等省已废止了“通行费超收分成管理办法”、“通行费收入用于公路新建项目资本金”等规定。重庆、浙江、山西、四川、河北、广东、云南、吉林、黑龙江、河南、辽宁、陕西、安徽等省(市)政府积极研究收费站点撤并方案，已停止和即将停止收费站点共100多个。江苏、安徽、重庆、河北、吉林、陕西、河南、湖北、山西、山东等省(市)正在积极追回被截留挪用的车辆通行费，并追究有关人员责任。河南、云南、浙江等省表示将重新研究核定“收费公路收费期限”，2007年内调整完毕。安徽等省已停止提高收费标准征收农村公路建设资金的作法。
北京、江苏、浙江、吉林、河北、河南、山东、安徽、重庆、云南、黑龙江等省市正在抓紧补办公路项目土地征用手续，已有30多万亩土地补办完毕。
(三)完善相关制度，规范收费公路经营权转让。安徽、浙江省政府出台文件，规范公路经营权转让审批等，健全经营权转让管理体制。黑龙江、湖北、山东、四川、陕西等省正按照审计意见，将违规转为经营性公路的政府还贷公路，进行属性复位；将违规转让的收费公路予以收回，恢复由政府经营管理。北京市政府表示今后将严格控制公路经营权转让，不再批准收费公路资产上市。
(四)继续清理“特权车”、“人情车”问题，加强收费公路管理。据交通部统计，各地已废止公路通行各类“免费卡”、“减缴证”等24万张，纠正各类违规减免通行费900万车次，2007年又将‘特权车’、“人情车”纳入纠风的主要内容继续清理。河南、云南、河北、陕西、山西、湖北、山东、安徽、黑龙江等省出台相关规定，将“政府还贷收费公路服务区收入、广告收入等”纳入核算范围并上缴财政用于还贷，加强“公路经营及转让国有收益管理”等。湖北、山西、安徽、广东、吉林、河南等省均在按要求改革公路收费机构和精简收费管理人员，规范收费管理人员的经费支出。
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